У XIII стагоддзі на землях паміж Нёманам і Заходняй Дзвіной утварылася Літоўская дзяржава. Феадальная разрозненасць рускіх земляў і аслабленне іх у выніку мангольскага нашэсця дапамаглі літоўскім князям захапіць суседнія славянскія землі. У сярэдзіне XIV стагоддзя князь Альгерд заваяваў рускія землі ў басейне Сожа. З гэтага часу больш чым на 400 год Прапойск падпаў пад іншаземны прыгнёт.
Захопленыя землі вялікія князі літоўскія раздавалі сваім родзічам, а таксама асобным феадалам. У 1387 годзе Прапойск і навакольныя вёскі перайшлі ў рукі князя Скіргайлы. У 1430 годзе Прапойск належыў ужо да ўладанняў вялікага князя Свідрыгайлы. Іншых звестак аб Прапойску ў гэты час не захавалася.
У XIV стагоддзі ў Паўночна-Усходняй Русі вылучаецца Масква як буйнейшы гандлёвы і палітычны цэнтр. Літоўскія князі, баючыся ўзмацнення Масквы, усяляк перашкаджалі яе сувязям з іншымі краінамі.
У 1487 годзе ў Прапойску была затрымана каралеўскімі чыноўнікамі група рускіх купцоў, якія везлі тавары з Крыма ў Маскву. Купцоў абрабавалі і гвалтоўна зявязлі ў глыбіню Літвы, дзе яны працяглы час знаходзіліся ў турме. Толькі па патрабаванні ўрада Івана III купцоў вызвалілі, хоць сваіх тавараў яны і не атрымалі. Падобнымі рабаўніцкімі нападамі на мірных рускіх людзей літоўскія валадары імкнуліся затрымаць эканамічнае развіццё маладой рускай дзяржавы.
У пачатку XVI стагоддзя Прапойская воласць уваходзіла ў склад зямель вялікага князя літоўскага. На гэтых землях жылі сяляне даннікі, якія плацілі князю вялікія падаткі. У канцы XV стагоддзя павіннасці настолькі павялічыліся, што нават сам вялікі князь быў вымушаны прызнаць цяжкае становішча сваіх сялян.
Жорсткая эксплуатацыя, злоўжыванні чыноўнікаў прывялі да масавага збяднення даннікаў. Сяляне прымянялі розныя формы барацьбы з прыгнятаннем: уцякалі на Украіну, адмаўляліся выконваць павіннасці, а ў асобных выпадках нават узнімалі паўстанні. У пачатку XVI стагоддзя становішча прыняло такі паграджальны характар, што феадалы вымушаны былі заняцца сялянскім пытаннем. У 1511 годзе была выдадзена асобая грамата (устава), якая, на думку караля Сігізмунда, павінна была некалькі палегчыць становішча сялян. “Устава” не магла схаваць, што жыхарам Прапойска і іншых воласцей “тяжкость великая сядзеет… от писарей”, якія пасылаліся для збору нядоімак. Згодна “уставе” сяляне самі павінны ўносіць подаці ў казну, мінуючы каралеўскіх зборшчыкаў дані. Аднак гэта працягвалася нядоўга, і хутка “устава” была адменена. Яе выдалі толькі для таго, каб на некаторы час папярэдзіць усеагульнае сялянскае паўстанне.
Вялікія князі літоўскія, якія мелі шырокія зямельныя ўладанні ў Беларусі, па-ранейшаму раздавалі свае землі паасобным феадалам. Звычайна землі даваліся пажыццёва за тое, што іх трымальнікі неслі ваенную службу князю. Ад вялікіх князёў феадалы атрымалі зямлю і на тэрыторыі Прапойскай воласці, аб чым сведчаць дзве захаваныя дароўныя граматы. У 1518 годзе па каралеўскай грамаце магнат Чартарыжскі атрымаў права збіраць дань у Прапойскай і Чачэрскай валасцях. Для барацьбы з магчымымі сялянскімі паўстаннямі ён збудаваў у Прапойску замак, які доўгі час служыў апорай магутнасці феадалаў над навакольным насельніцтвам.
Аналагічную грамату атрымаў князь Мсціслаўскі ў 1525 годзе на валоданне сялом Лобча Прапойскай воласці (зараз знаходзіцца ў Чэрыкаўскім раёне).
Магнаты, якія атрымалі поўнае права распараджацца маёмасцю былых княжацкіх сялян, сталі павялічваць подаці з сваіх новых падданых. Узмацненне эксплуатацыі выклікала народныя паўстанні, якія падточвалі магутнасць Літоўскай дзяржавы. Адначасова Руская дзяржава ўзмацніла барацьбу за вяртанне старадаўніх зямель, захопленых літоўскімі феадаламі ў XIII–XIV стагоддзях. Амаль на працягу ўсяго XVI стагоддзя паміж Літвой і маскоўскім княствам вяліся няспынныя войны, змяняючыся кароткачасовымі перамір’ямі.
У пачатку XVI стагоддзя, калі рускія занялі Смаленск і іншыя гарады ў вярхоўях Дняпра і Сожа, граніцы Расіі блізка падышлі да Прапойска. У некаторых месцах рускія рубяжы знаходзіліся ад горада ў 15–20 кіламетрах. Імкнучыся спыніць прасоўванне рускіх на захад, літоўскія феадалы ўрываліся ў рускія ўладанні, рабавалі і забівалі насельніцтва прыгранічных сёл і гарадоў. Аднак ніякая сіла не магла стрымаць рускіх, змагаўшыхся за вызваленне братніх славянскіх народаў.
У 1607 годзе ў Прапойску з’явіўся авантурыст, які выдаў сябе за Дзмітрыя, сына Івана Грознага. Як паведамляе летапісец, гэты самазванец раней быў настаўнікам у Шклове, потым перабраўся ў Магілёў. Яго доўга не трымалі на службе, і ён блукаў, як бадзяга, па розных гарадах. Апрануты быў вельмі дрэнна. Нават летам хадзіў у кажусе. Нарэшце дабраўся да Прапойска. Тут яго за нейкія злачынствы арыштавалі і пасадзілі ў турму. Для таго, каб дабіцца вызвалення, ён назваў сябе царэвічам Дзмітрыем. На прайдзісвета звярнулі ўвагу мясцовыя феадалы, якія вырашылі скарыстаць яго імя для захопу Масквы. Да Лжэдзмітрыя далучыліся атрады польскай шляхты, і хутка пачаўся паход на Рускую дзяржаву. Лёс самазванца агульнавядомы: у 1610 годзе ён быў забіты. А народныя апалчэнні Мініна і Пажарскага разбілі польскіх інтэрвентаў.